Para realizar las técnicas, ninja necesidad de utilizar su chakra. Chakra proviene de dos lugares: (1) el cuerpo de energía inherente a los millones de millones de sus celdas y (2) el mental y espiritual de energía obtenida de ejercicio y experiencia. Para realizar un Jutsu, el ninja llevará a cabo y la liberación de estos dos energías. La cantidad de chakra necesaria para una técnica variará dependiendo de su tamaño y complejidad. Cada ninja tiene el potencial para utilizar mejor un estilo Ninjutsu elemental. Para más información sobre los chakras y elemental Jutsu. Para el Taijutsu ninja no tiene por qué necesariamente el uso chakra, ya que algunos ataques se limita a utilizar la energía necesaria para llevar a cabo el ataque. Por Ninjutsu el ninja del chakra de control determinará cuánto chakra se utiliza en la técnica. Para ninja con un excelente control de chakra, que utilizarán la cantidad mínima con nada en vano. Para ninja con el control de chakra pobres, ellos gastan más de chakra necesaria para el cumplimiento de su Jutsu.

      Chakra fluye a través del chakra del cuerpo sistema circulatorio. En un nivel más microscópico es la conexión de estos canales todos los puntos vitales en el cuerpo. Estas pequeñas vías de canal de viajes entre las células del cuerpo. Llevan el chakra generado y permitir que el ninja a moho. Si estos canales se rompió, es más allá de la capacidad incluso de ninja médico calificado para reparar. En la gran escala, el chakra del sistema circulatorio viaja por todo el cuerpo y alrededor de los órganos internos también responsable de la creación de chakra. Este sistema incluye 361 tenketsu, que son diminutos puntos pin a través de la cual el chakra corrientes. El flujo de chakra puede ser aumentado o disminuido por la manipulación de estos tenketsu. El chakra sistema circulatorio es sólo visible a través del uso de la Byakugan. El Sharingan puede ver el flujo general chakra, pero no el sistema interno propio. El Byakugan y el clan Hyuuga's Juuken (Suave Fist) ataque estilo les permite expulsar de su chakra en sus manos la tenketsu de sus oponentes. Esta presión hará que el tenketsu para cerrar y bloquear el flujo de chakra. Con suficiente tenketsu cerrada, el chakra del ninja flujo será casi nada, eliminando su capacidad de uso Jutsu. También porque el sistema se desplaza por todo el cuerpo y alrededor de los órganos internos, hacer presión contra los tenketsu también daños órganos cercanos. Debido a que un ninja no puede formar y fortalecer sus órganos internos, esos ataques pueden ser devastadores.

     Concentración de la igualdad y la constante cantidad de chakra de una parte del cuerpo del ninja les permite adjuntar a su cuerpo el objeto tocado. Esto permitiría a caminar hasta las superficies verticales. Al expulsar a un monto fijo de sus pies en proporción a su peso corporal, el ninja puede caminar sobre el agua. Ninja puede centrarse también chakra a determinados miembros, lo que incrementará los músculos de poder y la fuerza.

      Chakra también puede ser prorrogado del cuerpo para el ataque y defensa. Esto puede tomar la forma del chakra cuerdas utilizadas para manipular los títeres en Kugutsu no Jutsu. También puede ser enfocada a una multa de punto de corte, como en kabuto chakra del bisturí. También se puede utilizar para formar una barrera defensiva en Chakra no Tate.

      El chakra en el cerebro y los órganos de los sentidos también son el objetivo principal de Genjutsu. Genjutsu se crea cuando un ninja extiende su chakra del flujo cerebral a través del sistema nervioso de su oponente para controlar sus mentes chakra, que ello afecte a sus cinco sentidos. Para combatir los efectos de Genjutsu, hay dos opciones. La primera opción es para el ninja a detener el flujo de chakra en su cuerpo y, a continuación, aplicar un aún más fuerte el poder de interrumpir la corriente de las ruedas chakra. La segunda opción es contar con un ninja fuera no se ven afectados por el Genjutsu hacer contacto corporal, y utilizar su chakra para interrumpir el flujo de ruedas.