Las Aldeas Ninja (忍の里, Shinobi no Sato^?) o Aldeas Ocultas (隠れ里, Kakurezato^?) son aldeas que sirven como fuerza militar del país en que se encuentran. Mantienen la economía del país donde se encuentran gracias a sus ingresos, dinero que cobra por realizar las misiones que se les encargan. Las aldeas entrenan ninjas desde muy jóvenes para poder usarlos en las misiones, y hacer que sus países sean competitivos en el contexto de las demás naciones. Las cinco principales aldeas están dirigidas por Kages (literalmente, sombra), los ninjas más fuertes de todos.